Gènes pour la résilience au covid-19 : identification de marqueurs ADN correspondant à la résistance et à la susceptibilité au coronavirus

Les coronavirus (CoVs) (ordre Nidovirales, famille Coronaviridae, sous-famille Coronavirinae) sont responsables d'épidémies de maladies respiratoires chez de nombreuses espèces de vertébrés. Ils constituent une grande famille de virus enveloppés à ARN simple brin (+ssRNA) qui peuvent être isolés chez différentes espèces animales. Ils ont des tailles de génome variant entre 26 et 32 kilobases (kb) de longueur, étant les plus grands génomes pour les virus à ARN (augmentant ainsi l'efficacité des masques faciaux). COVID-19, également connu sous le nom de syndrome respiratoire aigu sévère coronavirus 2 (SARS-CoV-2), ou "nouveau coronavirus 2019", est un nouveau virus et nous commençons à peine à comprendre la résistance et la susceptibilité chez les humains.

COVID-19 est similaire au syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) en ce sens que les deux virus infectent leurs hôtes humains via le même récepteur, l'enzyme de conversion de l'angiotensine 2 (récepteur ACE2), et provoquent des caractéristiques cliniques et pathologiques similaires. Fait intéressant, la protéine de pointe qui est responsable de la liaison au récepteur est très similaire entre 2019-nCoV et SARS-CoV, ce qui est le résultat d'une sélection significative pour le même récepteur (Wu., 2020). La recherche sur la façon dont nos corps se défendent contre le SRAS pourrait révéler comment nos corps pourraient se défendre contre le covid-19.

Plusieurs études récentes d'association à l'échelle du génome (GWAS) ont fourni une compréhension beaucoup plus approfondie des variations génétiques qui peuvent aider à expliquer pourquoi certaines personnes sont pratiquement non affectées par COVID-19, tandis que pour d'autres, le virus est menaçant pour la vie ou même fatal.

Dans ce post, nous fournissons une revue de la littérature évaluée par des pairs et présentons des informations sur les gènes candidats pour la résistance au SARS-CoV. Si vous avez effectué un test ADN à domicile comme ceux disponibles chez 23andMe, Ancestry DNA, Dante labs, vous pouvez évaluer vos données ADN brutes et voir comment votre séquence ADN se compare aux résultats de recherche.

Comment analyser votre ADN pour la résistance ou la sensibilité au coronavirus ?

Étape 1) Téléchargez votre fichier ADN autosomal brut et enregistrez-le dans un endroit sûr et sécurisé

Pour analyser vos données ADN, commencez par télécharger votre ADN autosomal brut et enregistrez-le dans un endroit sûr. Voici les instructions pour télécharger votre fichier ADN brut depuis : 23andMe, Ancestry DNA, Family Tree DNA, Dante Labs, My Heritage, Genes For Good, Vitagene, and Living DNA.

Étape 2) Analysez votre fichier d'ADN brut

Recherchez vos données ADN brutes à l'aide d'un éditeur de texte tel que "text wrangler" ou "notepad" en utilisant la fonction "chercher", ou en utilisant la ligne de commande.

Ouvrez votre fichier ADN brut et vous remarquerez les en-têtes des ID SNP uniques (rs# ou i#), chromosome, position et génotype. Les formats diffèrent légèrement entre chaque entreprise de test ADN direct au consommateur.

Pour évaluer votre risque de mauvaise récupération après le COVID-19, recherchez ces marqueurs ADN décrits ci-dessous :

Plusieurs études d'association pangénomique (GWAS) ont été récemment publiées décrivant des loci associés à une insuffisance respiratoire chez des patients infectés par le SARS-CoV-2 et trois études ont identifié des marqueurs SNP dans le même segment génomique d'environ 50 kb hérité des Néandertaliens.

De plus, d'autres marqueurs ADN couverts dans ce post incluent rs4804803 qui a été associé au SARS, et ceux positionnés dans le récepteur de l'enzyme de conversion de l'angiotensine-2 (ACE2) qui a prouvé être le même récepteur pour le coronavirus respiratoire humain NL63, le coronavirus SARS (SARS-CoV), et le nouveau coronavirus 2019-nCoV/SARS-CoV (Li et al., 2017; Lu et al., 2019). Étant donné que la protéine spike du coronavirus a évolué pour correspondre au récepteur ACE2, il est probable que les individus avec des variations qui modifient la séquence de la protéine présentent un certain degré de résistance au covid-19. Ci-dessous se trouvent des SNP non synonymes du transcript ACE2 NM_021804.2 et d'un intérêt particulier sont les SNP qui causent des changements majeurs comme rs199951323 qui entraîne un codon d'arrêt prématuré.